Laureatosi a Firenze, Andrea Maffei lavora con Massimo Carmassi a Pisa e dal 1997 si trasferisce a Tokyo dove collabora nello studio di Arata Isozaki. Dopo pochi anni diviene associato del celebre progettista giapponese, di cui ricopre la carica di responsabile dei progetti italiani: dirige come capo progetto il cantiere del palahockey di Torino, ma anche il parco di Piazza d’Armi e della piscina olimpionica del capoluogo piemontese.
Nel 2007 fonda lo studio Andrea Maffei Architects, mantenendo uno stretto legame con Arata Isozaki: con lui vince numerosi concorsi tra cui la nuova stazione di Bologna (2008)e la nuova sede della Provincia di Bergamo. Firma il progetto della nuova uscita del museo degli Uffizi (2007), della nuova biblioteca di Maranello (2009), del complesso Imprima Buildings a Bergamo con funzione direzionale. E’ attualmente impegnato come progettista e firmatario del progetto City Life a Milano: un grattacielo di 207 metri di altezza, una piazza centrale del complesso con stazione della metropolitana e vari fabbricati residenziali.