Manuel Aires Mateus nasce a Lisbona nel 1963 dove si laurea alla Facultad de Arquitectura de la Universidade Tecnica nel 1986.
Inizia la collaborazione con l’architetto Gonçalo Byrne dal 1983, esperienza che si rivelerà fondamentale per la sua formazione professionale.
Nel 1988 fonda con il fratello Francisco lo studio Aires Mateus & Associados.
Gli incarichi pubblici e privati, i numerosissimi premi e i concorsi internazionali vinti, le opere pubblicate sulle riviste di tutto il mondo, delineano i fratelli Aires Mateus quali figure centrali della nuova architettura europea contraddistinte da una ricerca rigorosa e da una cura straordinaria nella qualità delle opere.
La formazione nell’ambiente culturale portoghese contrassegnato da personalità di peso internazionale come Tavora, Siza, Souto de Moura e Byrne non ha loro impedito di elaborare uno stile personale caratterizzato fin dall’inizio da una evidente riconoscibilità.
Dal 1997 insegna all’Universidade Lusíada de Lisboa e dal 1998 all’ Universidade Autónoma de Lisboa.
Dal 2001 è professore presso l’Accademia di Architettura di Mendrisio e tra il 2002 e il 2005 è stato inoltre Visiting Professor alla Graduate School of Design di Harvard.