Il museo si compone di otto volumi espositivi che possono essere suddivisi in due volumi più grandi per consentire uno spazio espositivo permanente e un altro spazio polivalente per eventi o mostre temporanee. I volumi di diverse altezze sono disposti in una “griglia” che copre la piazza, consentendo la creazione di spazi abitabili interni e una copertura percorribile da un angolo all’altro, con elementi paesaggistici. La matericità del museo, interamente rivestito in chukum (una finitura naturale di origine Maya), ne garantisce la durata e bassi costi di manutenzione. Il disegno dei volumi e la loro disposizione nello spazio pubblico generano percorsi accompagnati da luci, ombre e vegetazione che conferiscono alla piazza un nuovo carattere ricco di esperienze che evocano idee dell'architettura Maya insieme all'eredità coloniale dell'impianto urbano.
La piazza generata dal progetto è organizzata ai lati di un corridoio centrale, attraverso il quale è possibile accedere sia agli spazi interni che attraversare la piazza verso il lungomare.
Due grandi giardini sopraelevati fiancheggiano gli angoli della piazza, permettendo di scendere lungo i pendii per godere di nuovi panorami a diverse altezze.